团侦探学园Q班的学生们终于迎来了他们第一次的实战任务。所谓Q班，就是指由那些有资格成为团守彦接班人的学生组成的“QualifiedClass(合格班)”的简称。虽然拥有敏锐的观察力、出类拔萃的洞察力以及超越常人的灵敏感觉，不仅靠推理、证据，而且可以通过感受人们真实的情感和内心来解决事件，但却有点胆小的Q。拥有过目不忘瞬间记忆能力，且是Q班唯一的女生的小惠。有着天才般的头脑，体育万能却讨厌与人交往，总是酷酷的如同谜一般存在的流。不仅是电脑神童，而且是大财阀的公子，小不点富豪侦探数马。武道十段的超级运动天才，班级中最年长的金太。Q班就是由这5个个性迥异的成员组成的。接到作为老师且是团侦探左右手的七海光太郎的指示，Q班一行人来到了位于秋叶原的一家漫画咖啡店里。在一间隐藏在店铺深处的房间里，电脑、大型监视器等设备一应俱全，原来这里就是团侦探事务所的秘密办公室。数马将放在桌子上的Disk的数据恢复后，团守彦便出现在大屏幕上。于是端站好的5人从团守彦那里接到了自入学后的第一次真正的调查任务。一个星期前，高中三年级学生冈田律子在密室中被人刺杀的事件。由于没有找到任何线索，破案也毫无头绪，警察便拜托团侦探希望他能够协助破案。团侦探接受委托后就派Q班的学生去完成这个任务。第一次的实战任务、以学校为舞台的一系列连续杀人案件、预告着下次犯罪的“诅咒笔记”、完全密室杀人事件、以及隐藏在事件真相背后，黑暗的犯罪组织。学院侦探Q班的5人将挑战这桩隐藏了诸多谜题的困难案件。到底事件能否被顺利解决呢。

上次的案件最终犯人居然在自己眼前自杀，这给五个少年人造成了很大的冲击，他们还没有平复情绪，但新的任务已经下达。此次的案件是中学生失踪迷案，最开始有两个补习班的学生失踪，几天后被找到却已丧失了所有记忆。为了追查此事，Q班五个成员再次分开调查，Q跟着小惠来到失踪学生就读的补习班，在这里找到了和两名失踪者同班的学生，更希望从其中一个叫做牧野大介的男孩口中套到些情报，可惜他们却不得不徒劳而返，因为只注重学生成绩丝毫不关心其他的校长的催促，打断了Q和小惠的问询。小惠和Q无可奈何地走后，大介不得不面对校长的殷切期望甚至莫大的学习压力，然而尽管如此，实际上他并不像表面上那样热衷于学习。与此同时，和小惠以及Q展开不同行动的其他三人也在进行各自的调查，金太找到了丧失记忆的女孩，发现她正无忧无虑地和朋友一起在街边跳舞，金太想要询问事发经过却遭到了其朋友的阻止，之后离开见到Q和小惠，更受到两个男孩阻击，拥有武道上段能力的金太当然轻松制服了他们，并从其口中得知原来一切的幕后黑手是一个叫做“神”的家伙，通过手机短信在操纵。不久连大介也遭到了毒手丧失一切记忆，Q班的学生又一次行动起来。金太去找丧失记忆的女孩，流跑去找丧失记忆的男孩，他们不约而同地向对方摊牌，却原来都是假装失忆，目的是为了躲避家人和补习班施加的沉重的学习压力。案子依然一筹莫展，校长却已在自己的办公室被人杀了，警方通过监视器认定凶手是某个跟校长不和的老师，但Q班的学生却发现了诸多疑点，更抽丝剥茧找到了幕后黑手。

“彻底追查被称为社会垃圾清理者的连续杀人事件的凶手”Q班的5人接到了团守彦的新任务。所谓社会垃圾清理者就是那些专门袭击没有反抗能力的流浪者的年轻人，或者因手法残忍出名的帮会组织等，将被认为是社会垃圾的人残忍杀死并弃尸于垃圾场的这类连续杀人犯的通称。由于这次的任务过于危险，任务室里弥漫着紧张的气氛。尽管如此，Q班的5人还是开始各自的搜查。但是只有数马无论如何也没办法集中精力展开调查。既无法继续新游戏的开发，也无法像Q班其他4个人那样投身于新任务的调查。“单纯真好！”和自己不同，单纯的Q能够马上集中精力投身调查工作中的，而自己做事总是有始无终，就在这时数马遇到了瑶子。而这个就在离秘密基地很近的花店打工的瑶子也渐渐占领了数马的心。另一方面，着手调查后，表面上看起来完全无关的案件一个一个被连接起来，逐渐接近连续杀人案凶手的Q他们。像是要故意嘲笑他们似的，就在这时新的牺牲者又出现了。匆忙赶到凶案现场的Q他们注意到了一件事情，凶手把被害者的手机从凶案现场拿走了。原来据说被害者在被袭击的前一刻与之通话的对象，就是凶手本人，而这也是凶手作案的常用手法。被害人的通话对象是？那个人很危险。收到Q他们的通知飞奔过去的数马。为了救出自己重要的人，面子呀自尊呀什么都可以不要了。然而凶手再次将魔手伸向了新的目标。一边等着Q他们到来与自己汇合，一边一个人出现在这所谓的社会垃圾清理者面前的数马说道：“你再也无处可逃了！”是扭曲的正义的扮演者、数马是否能够揭穿所谓社会垃圾清理者的真面目并且阻止他呢、而数马自己的命运又将怎样。

去查清楚“杀人收集者”的谣言和案件有什么关系，借以查出案件的真相。Q班的5人又从团侦探那里接到了新的指示。所谓的“杀人收集者”，就是在一所住宿制高中里面流传着的一个杀人魔的别称。在网上广为流传的版本是这个杀人魔专以年轻女性为目标，在把她们杀害的同时，用自用摄像机把杀人的过程拍下来传到网上，这就是所谓的“杀人收集者”。不过杀人魔的存在说到底都只是一种传说，因为看到过关键性的杀人录像带的人非常之少，所以这种谣言的可信性也就很低了。但是最近相继发生了据说是杀人收集者所为的怪异事件。一个月前的女学生失踪事件和几天前的女学生失踪事件，不知道什么人正在学校里进行着伤害事件。一方面想要把事情尽快解决掉的高中向团侦探发出了请求，另一方面也想把杀人收集者的谣言与事件的关联性查清楚的Q班的5人，根据七海的安排，由Q、小惠和流潜进发生杀人收集者谣言的高中。杀人收集者的谣言不断扩散的古怪的高中。觉得没有人可以信任的疑神疑鬼的学生们。第一个失踪者在哪里、下一个被害者又是谁。没有告诉金太和数马案件真相，开始调查的Q、小惠和流。一个人潜入高中的金太。利用高科技在后方支援的数马。还没来得及布置好，出现在他们眼前的竟然就是杀人收集者的杀人现场录像！终于发生了杀人事件。而且，杀人收集者竟然将魔掌伸向了小惠。到底Q班的5个人能否查明杀人收集者事件的真相呢、被绑架的小惠的安危又是如何呢。

接第四回，在网上广为流传的杀人收集者的谣言。根据团校长的指令，Q班的5人为了查明事情的真相，秘密的潜入据说是杀人收集者就读的寄宿制高中开始搜查。Q班的5人从那些因为这个怪异谣言而内心恐惧的同学们口中打听出了一些情报并慢慢接近着事情的真相。但就在这个时候，像是要嘲笑他们一样的一个学生忽然失踪了，而且不久就被杀了。就像网上传说的一样，杀人的整个过程都被制成影片放到网上。而且，竟然小惠竟然也出现在片子中。正在搜查中的小惠竟然被绑架而且被杀人收集者监禁了起来，Q他们根据杀人录像提供的线索，判断出监禁小惠的场所，总算是把小惠给救了出来。杀人收集者的传闻终于变成了现实。不但出现了第一名受害者而且小惠也遭到了被绑架的危险。没能防止罪行的发生，深感自己能力不够的Q。为了防止出现新的牺牲者，Q班的5人在充分分析杀人现场的DV之后，将遗下的仅有的几处线索弄清楚，一步步逼近了犯罪者的真面目。但是，事情并没有像他们料想的那么顺利，紧接着又出现了第二名被害者。极其残忍的杀人现场录像又一次在网上流传开来。“到底是怎么回事。这个叫杀人收集者的，到底是什么人！”看到相继发生的惨剧，小惠经不住怒斥到。到底杀人收集者的真面目是、Q班的5人是否能够阻止新的罪行的发生呢、似乎与到目前为止所发上的事件都有关系的黑暗组织冥王星的新动作又是什么。

团校长亲自出现在了Q班的休息室里，这一次他亲口向Q班的五名学生委派任务，并让他们知道了犯罪组织“冥王星”的存在。这个组织总是构思出完美的杀人计划，然后居心险恶地把这些计划委托无辜的人来实行。实际上此前Q班学生解决的案件中，就有不少是冥王星在背后搞鬼，这些被冥王星操纵的杀人犯虽说并不是完全无辜，但却多数因为冥王星的存在才会发生杀人悲剧。得知此事的Q班五名成员，各自怀着胆怯、迷惘等等各种不同的心情，开始面对此次的任务。此时有委托人拜访了Q班众人，这个委托人给出的一封信，居然是来自“冥王星”的杀人预告，这是冥王星组织发给委托人的，亦即是说委托人的生命正受到威胁，他希望能获得团侦探事务所的帮助保住性命。经过一番商量，留下电脑能手数马和年纪最大的金太在休息室里，Q、小惠和流三人则前往委托人居住的豪宅。究竟他们能否凭借自己的机智破坏冥王星此次的杀人行动呢？

流竟然是冥王星组织的继承人，知道这个事实的Q难以掩饰内心的疑惑，而此时，流也从Q他们的眼前消失了，难道他回到了冥王哈迪斯的身边了。金太曾跟他的小弟在三年前不欢而散，而这时这个金太的小弟却被卷入杀人事件中，金太被叫来配合警察调查。跟小弟美作见面后的金太知道这是件冤案后，被美作拜托帮忙查出真相，洗刷他们的冤屈。虽说是吵了架，不过毕竟是自己从前的兄弟，所以金太没有拒绝。金太觉得这是他自己的事情，所以不想借助Q班其他几人的力量，自己一个人开始了调查。担心金太的小惠却说：“算了，我就勉强配合你吧”硬是出手帮助金太一起搜查。金太和小惠在秋叶原寻找美作的不在场证明，但是却没有找到什么有力的证据。美作的妹妹明天晚上就要举行结婚仪式了。如果在那之前不能证明美作的清白，那么结婚仪式不但可能无法进行，而且会牵连到自己妹妹可能被人指指点点。没有时间了。非常焦急的金太和小惠。就在这时，2人被突然出现的一群黑衣男子强行带走，而带他们去的人正是金太的爸爸远山金三郎。金太的爸爸是老警察，他对金太说：“不要多管闲事”，对于这次的事件，他让金太马上停止调查。但是金太并没有理会父亲的命令，继续查找事件的真相。这件事，总有什么奇怪的地方。金太的直觉告诉他这件事实有蹊跷。为了证明美作的清白，查出事件的真相，金太到处奔走。这时候，Q，小惠，数马情况如何呢、与哈迪斯接触的流又如何呢。

这天侦探学园收到了一封未署名寄信人的信函，信中是九个服务生的几张照片。最近在秋叶原频频爆发“狩猎服务生”的袭击事件，照片中的九个人就是受害者们，究竟这个寄信的人是希望传达给侦探学园什么信息呢？这起事件的契机又是什么？尽管还有不少未曾解开的谜题，但为了找出一连串案件的真相，团校长还是下令Q班的学生们出动了。不过刚开始调查，流就告诉了其他四名同学一件万分重要的事情。而过于惊人的话不仅让Q陷入了迷惘，小惠、数马和金太三人一时之间也难以整理出思绪来。紧接着流就声言自己要独立进行调查就翩然而去。于是剩下的四个人决定也展开各自的调查。这些因为“狩猎服务生”事件遭到袭击的人们，全部都是曾参加过秋叶原举办的服务生选美大赛的人，是相当受御宅族们喜爱的人气服务生。几人更通过一番调查发现，参加这项选美大赛的服务生中间，只有获得优胜的小鶇没有遭受过任何袭击。理所当然地Q等人以为他就是嫌犯而找上了对方，面对几人的质疑，小鶇只是大叫“我不是犯人”就跑掉了。无法从原以为唯一会有线索的人身上套取任何有用情报，Q班四人都难免有些沮丧，紧接着出现的就是四人依照各自性格拟定的调查方案，却也因此出现了对其他三人完全无法相容的窘况，一时之间Q班休息室里的气氛凝重了起来。最终四人还是决定再去找一次小鶇，迎接他们的却是在自己房间里留下遗书，自杀的小鶇的尸体，以及正蹲在现场检视尸体的流。

流出院了，任务室立一片融洽的景象。大家谈论的话题是为了与冥王星组织斗争牺牲性命的团校长的助手连城晓，小惠找到了一张老照片。照片里是团校长跟那个连城晓，但是看到连城晓的长相的Q惊呆了。原来这个男人正是将Q从绑架犯手里救出来，也正是因为他Q立志成为侦探的那个被Q称为“侦探叔叔的男人。”一时间Q什么话也说不出来，这时候团校长跟七海老师来了。于是Q就问团校长是不是这个连城晓就是当年的侦探叔叔，这时团校长忽然想起了什么，但是团校长没有把他想到的告诉Q。这时冥王星ユリエ出现在掩饰不住内心疑惑之情的Q的面前，并且把团校长没有告诉Q的更让人吃惊的事情告诉了他。为了使得他跟流决裂，冥王星使计想要动摇他们的关系。Q陷入了一片混乱之中。七海带着情绪不安定的Q、小惠他们去关着克尔伯洛斯的房间。和七海对决的克尔伯洛斯。他两只手被固定住了，由于戴着特殊的眼罩使得视线变得有限，本应该是因为自尊受伤而暴走的，但是却丝毫感觉不到他内心的不安。一边目送着什么也没打听出来的七海他们的离去，他的嘴边一边不合适的浮现出诡异的笑容。陷入过冥王星设下的陷阱的有意疏远其他人的流，与小惠他们故意保持距离的Q，这样的Q会不会重蹈流的覆辙。

在秋叶原的街角，Q偶然碰到了背着旅行带的流。“要去哪里？”Q问道。“稍微有点事情想一个人调查一下”，一边这样说着一边正欲离去的流。Q隐约感到可能有重大事情即将发生，他叫住流说想要拜托流跟他约定一件事情，就是：“无论发生什么事，相互之间都不要对对方说谎。”“知道了”流说着，就走了。Q的心中隐隐升起一丝不安的情绪。有名的建筑家设计的栖龙馆里正在举行这个建筑家的头七。这时，接客室里却收到了奇怪的威胁信。信这样写道触龙怒者应以死抵罪。这封不祥的威胁信的送信人不明，但是主办头七的人却是Q办的天草流。而这个死去的有名的建筑家就是天草流的爸爸天草匠。团侦探也掌握了这些情报，知道了流跟这件事情有很深的瓜葛，他认为应该让Q他们去调查这件事情，于是少了流的Q班出动了。Q他们来到了栖龙馆，四个招待人跟流前面招待宾客。Q跟本来什么都不知道的流说了威胁信的事情和团校长命令他们行动的事情，流的内心这时候好像动摇了。Q看到这样一点也不像平日的流的时候，不知为何内心变得十分不安。在栖龙馆住下的Q他们正准备着手进行调查的时候，第一起杀人事件却发生了。而且小惠亲眼看到流在事件现场停留着，并用一双从未看到过的可怕的眼神看着冰冷冷的尸体。难道是流。而且这次的杀人事件只是之后惨烈的连续杀人事件的序章。一个个被害者的被害现场经常出现流的身影。披上杀人嫌疑却藏起自己行踪的流。到底这次的连续杀人事件的凶手是流吗。隐藏在栖龙馆里的深深的谜团是什么。而这件悲惨的事件的背后，是否果然还是有冥王星在暗中操作。

流被当成连续杀人案嫌疑犯遭到了警方的追击，大规模的搜山行动让孤身一人在森林中的流充满了彷徨。此时冥王星的首领同时也是流的祖父冥王哈迪斯出现在他面前，面对被当作杀人犯四处追击的流，哈迪斯用攻心的方法说着恶毒的语言，就像被洗脑一样，流向哈迪斯伸出了手。另一方面，团校长始终不肯说出重要关节，Q等人坚信流绝不是杀人凶手决定继续调查。但被杀的四个人都是曾经杀害流父亲的凶手，所以流有充分的动机杀死这四个人，再加上所有证据都指明流就是杀人凶手，难道流真的就是那个凶手吗。完全找不到案件的关键所在，Q等人彻底处于不知如何下手的状态。此时他们收到了流寄来的短讯。Q等人决心不管外界如何揣测，要直接从流口中得知真相，几人根据流短讯的内容来到栖龙馆饭店的大厅，但出现在他们面前的，却不再是以前那个虽然冷淡却正义感十足的流，而是一个内心变得万分邪恶的流，以及冥王星的首领哈迪斯。Q等人中了流和哈迪斯的圈套，大厅的门紧闭了起来。Q等人只有三分钟时间，如果不在时间内逃出去四人就会死在这里。究竟Q等人能否脱困；流真的背叛了Q和大家，继承了冥王星吗；意识不明的团校长又将如何；连续杀死四个人的残酷真凶究竟是谁。