荷兰人哈根（一季一集）再次出现，neal为救peter和哈根达成协议，neal伪造james电话录音，通过哈根使peter被无罪释放，作为交换，neal在mozzi配合下完成哈根的要求——盗窃金币，没想到却正中哈根圈套，而为哈根所威胁，peter即将升任白领负责人，为了保护neal，他有了新的想法，同时也对盗窃金币案产生了怀疑。

Neal见到了他的新监管人DavidSiegel，Siegel究竟是聪明的猫还是自大的猫？不管怎样，Peter对此十分满意。Mozzi的真实身份暴露，最终希望通过假死转移FBI的视线，待产的Diana因为怀孕而担心自己的事业进而陷入焦虑，而她盯上了Mozzi的假死，而在关键时刻，Mozzi专业的助产能否让Diana为其守住秘密？Neal完成了哈根要求的事务，而对于Mozzi的假死和Neal的行为，Peter感觉其中另有蹊跷。

Siegel竟然是个高帅富！而且是个充满正能量、聪明、正义的高帅富！Neal继续为哈根所威胁,这次Neal准备声东击西完成哈根的任务，顺便取得Siegel的信任，其完成了，但犯了个错，或许，和哈根私下达成协议本身就是个最大的错误，Neal为此付出了他该有的代价，一个善良的博物馆管理员rebecca因为他而失去了工作，于此同时，噩耗传来，siegel遇刺身亡，TT。Jones升官了，Peter对新工作不适应，他究竟能不能完全放弃过去的工作方式？

Neal觉得Siegel的死可能和自己有关，Siegel的案件暂搁，Neal重新开工，一个自首的嫌疑犯表示自己刚刚洗劫了一个保险库，而自己对过程也是模糊不清；Neal和peter发现被洗劫的钱存在问题并追查了所有者，发现了其与自首嫌疑犯的关系——心理医生Mara，自信的Neal在调查中不幸中招，为了推进案情发展，Neal在Mozzi帮助下进行药物实验，并以牙还牙解决了案件。Neal处理了Mozzi的经济危机，并表示必要时需要做点改变。

Peter得了流感，Mozzi想养蜂，Mozzi用自制蜂制品让Peter当小白鼠。Wolcott家族继承人Patrick归来，El与该家族有业务往来，在与Patrick交流后，直觉告诉她，Pctrick是冒牌的，为了获得证据，Neal作为管家进入Wolcott家族，结果发现要获得证据有点难，同时觉察到，真的Patrick可能也在纽约，并且被绑票了。随着一份信托基金即将签署，真Patrick可能面临撕票危险。最后，一本泡过水的日记为他们提供了线索。

peter和neal追踪一假护照贩卖时发现了一宗大型护照制假案件，为了调查，peter假装成滑冰教练，以嫌疑犯的女友（女神^^）为切入点进行调查，并在neal配合下破获这起护照制假案件；mozzi认为不被hagen利用就得先研究出法典13章（第三集偷到的）的密码，但没有任何进展，这时，rebecca（第三集受伤女主角，看来第五季里有不少戏份）出现了，因为案件的牵连工作不太顺利，希望peter帮助，neal为了避免peter怀疑，在june、mozzi帮助下骗过了rebecca，并准备邀请她帮忙破解法典13章中的秘密，rebecca了解了情况后表示不可思议，因为法典作者的作品从来没有13章。

pter与el在外共进晚餐时碰到了他的exjill，peter略显尴尬，jill带来了一个芯片贩卖的案子，涉及到国家安全层面，其要求对任何人保密，peter也只能瞒着el，为此，el心生疑惑，准备跟踪jill，并在关键时刻发挥了关键作用；peter对于siegel的死一直很内疚，在jill的劝导下，他向el说出了一切；neal在rebecca帮助下找到了法典13章玄机。

peter发现了neal跟rebecca的会面，更让其迷惑不解，并干扰了neal的约会，neal表示之所以冒充fbi是为了rebecca，与此同时，mozzi担心neal与rebecca的关系会影响到事件的进展，希望neal和rebecca保持距离，并暗中调查rebecca背景；neal和peter用mozzi制作的恐龙蛋化石找回了霸王龙化石；neal在和el、june交流后决定向rebecca坦白关于其fbi假身份的秘密，rebecca原谅了neal，一番云雨，o～；hagen找上门来，并表明已经知道窗子的事并威胁neal搞到窗子。

neal和rebecca又滚床单了～同时，rebecca希望参与窗子获得的行动，在其配合下，neal成功取得窗子，并发现了窗子的秘密；peter得到了金币线索（第一集），并从mozzi处强取了一个关键人物dekker的线索，neal为了不让peter因为这条线索查到真相，去找当时负责peter案件的腐败检察官，并跟peter同时赶到dekker家，peter受不了其中的各种疑惑，于是设计让neal供认他就是偷金币的贼，neal表示都是为了peter，peter究竟该如何处理？

peter还在纠结自己的选择是否正确，此时，华盛顿向其抛出了橄榄枝，peter表示暂时无法接受，他究竟是为了什么，seagel还是neal？neal被静置，而这正好让其能更好的与hagen进行交涉，hagen抓了rebecca要挟neal合作，而此时一宗艺术品伪造案让peter再次盯上hagen，在追踪了hagen和neal的踪迹以后，peter再也无法容忍neal对他有所隐瞒。neal略施小计，将破译的法典13章毁了，同时让rebecca被释放。被逮捕的hagen要向peter供出neal偷金币的录像，而就在此时，他被干掉了！neal从哈根处找到了线索，同时也和seagel当时留下的线索有关，neal和peter根据线索，发现了整个精英组被详细调查了，而这还不是关键，neal发现了更让其想不到的事。。。

彼得装作怀疑尼尔杀死西格尔对丽贝卡进行审问，丽贝卡向尼尔透露了这一消息，并提出要与他一同逃跑。就在丽贝卡准备对尼尔坦诚自己的身份时，她发现了埋伏在附近的FBI立即逃走。尼尔与彼得找到了杀死西格尔的枪支，并在上面发现了丽贝卡的指纹。原来丽贝卡真名为蕾切尔，她是曾是军情五处的探员。尼尔以法典内所指示出的名贵钻石为诱饵约出蕾切尔，并联合彼得逮捕了她。

尼尔请求彼得终止自己的刑期，撤销对自己的判决。为了揭发一个腐败的股票交易员沃思的罪行，彼得请求休产假的戴安帮他执行一项卧底调查任务。在戴安的协助下，FBI顺利逮捕了沃思。蚊子帮戴安照顾孩子，竟悟出了法典中留下的符号所代表的是一系列数字。蕾切尔越狱来到尼尔家中，她听到蚊子在电话中尼尔发现了钻石的线索……

丽贝卡将剧毒注射于蚊子体内，她欲用解药与尼尔做交易，希望能交换尼尔手中的钻石。彼得和尼尔前来美军基地寻找钻石，蚊子因身体不适被送至医院。尼尔刚找出钻石，丽贝卡就袭击了彼得，她将彼得和尼尔关了起来。警局的人找到了解药，蚊子成功获救。尼尔施计骗了丽贝卡，丽贝卡束手就擒。彼得向小伊坦言他不想去华盛顿，不料尼尔竟被不明人士抓走。